Pourquoi les variantes de coronavirus mutées sont si inquiétantes

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Au cours de la réplication, un virus subit souvent des mutations génétiques qui peuvent créer ce que l’on appelle des variants. Certaines mutations affaiblissent le virus; d’autres peuvent donner un avantage qui permet au variant de proliférer. Les variantes avec des caractéristiques physiques nettement différentes peuvent être appelées une souche. Une variante qui s’écarte significativement de ses ancêtres viraux peut être identifiée comme une nouvelle lignée, ou branche sur l’arbre évolutionnaire. Dans le discours général, cependant, les termes sont souvent utilisés de manière interchangeable.

2. Quelles sont les variantes les plus inquiétantes?

L’Organisation mondiale de la santé utilise le terme «variantes préoccupantes» pour désigner les souches qui posent des risques supplémentaires pour la santé publique, et «variantes émergentes d’intérêt» pour celles qui justifient une surveillance étroite en raison de leur risque potentiel. Ces derniers ont reçu des noms ou des codes par les divers groupes de recherche et agences de santé publique qui les étudient. Jusqu’à présent, l’OMS a identifié trois variantes préoccupantes et trois variantes intéressantes. Ceux-ci sont:

• La variante qui a émergé en Angleterre en septembre, B.1.1.7, a contribué à une augmentation des cas qui ont renvoyé le Royaume-Uni en lock-out en janvier. D’autres pays ont suivi, notamment en Europe. Les responsables de la santé ont averti que la souche pourrait devenir dominante aux États-Unis; Le président Joe Biden a durci les règles lors de ses premiers jours au pouvoir pour essayer de les contenir.

• En Afrique australe, les hôpitaux ont été confrontés à la pression d’une résurgence provoquée par une autre variante, 501Y.V2.

• Des chercheurs brésiliens, quant à eux, ont averti qu’une soi-disant variante P.1 repérée à Manaus, dans l’État d’Amazonas, en décembre, pourrait avoir provoqué une augmentation des cas qui ont mis à rude épreuve le système de santé et conduit à des pénuries d’oxygène.

Des chercheurs de Los Angeles ont signalé une nouvelle souche, appelée CAL.20C en juin 2020, qui était liée à une flambée de cas de coronavirus en fin d’année dans le sud de la Californie. Des recherches préliminaires indiquent qu’il est légèrement plus transmissible et peut résister modérément aux anticorps générés par une infection antérieure au SRAS-CoV-2, a déclaré l’OMS le 16 mars. À ce moment-là, la souche avait été détectée dans tous les États américains et dans au moins 26 autres pays. C’est considéré comme une variante préoccupante par les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis. Le CDC a également B.1.525, qu’il a identifié à New York à peu près au même moment que l’OMS, comme une variante d’intérêt, avec une autre souche de New York (B.1.526) et la souche P.2, bien que l’on en sache moins. à propos d’eux.

3. À quelle vitesse les souches se sont-elles propagées?

Rapidement, aidé par les vacances de fin d’année traditionnellement associées à une mixité familiale et sociale accrue. Au 23 mars, des cas importés ou une transmission communautaire de la variante B.1.1.7 du Royaume-Uni avaient été signalés dans 125 pays, selon l’OMS. Aux États-Unis, les scientifiques ont estimé que les infections causées par B.1.1.7 doublaient tous les 10 jours. Au 23 mars, des scientifiques ont trouvé la variante 501Y.V2 qui est apparue pour la première fois en Afrique du Sud début août dans 75 pays, tandis que 41 pays auraient détecté la variante P.1 vue pour la première fois au Brésil, selon l’OMS. Une surveillance insuffisante dans la plupart des pays, y compris aux États-Unis, a obscurci la reconnaissance des variantes circulant dans de nombreux endroits.

4. Quelles sont les préoccupations de ces variantes?

En gros, ils posent des préoccupations différentes à des degrés divers. Celles-ci se rapportent à leur:

• Transmissibilité ou propension à se propager

• La gravité de la maladie qu’ils causent

• Capacité de neutralisation, ou probabilité qu’ils infectent des personnes qui se sont rétablies d’un épisode précédent de Covid-19, et

• Impact potentiel sur la vaccination grâce à leur capacité à échapper à la protection que les vaccinations sont censées générer

L’évaluation du 23 mars de l’Organisation mondiale de la santé est résumée ci-dessous:

5. Comment les variantes augmentent-elles la transmission?

Ils semblent avoir un certain avantage par rapport aux autres versions qui leur ont permis de prédominer rapidement, bien que des facteurs tels que les personnes se rassemblant davantage à l’intérieur par temps plus froid puissent également contribuer à se propager. La souche britannique a acquis 17 mutations par rapport à son ancêtre le plus récent – un taux de changement plus rapide que ce que les scientifiques observent généralement. Un groupe consultatif britannique a déclaré en décembre que la lignée B.1.1.7 pouvait entraîner une augmentation du nombre de reproduction de base, ou R0 (le nombre moyen de nouvelles infections estimé provenir d’un seul cas) de l’ordre de 0,39 à 0,93 – une «augmentation substantielle». La propagation internationale de ces variantes a également contribué à un rebond de Covid-19, le nombre de nouveaux cas signalés dans le monde augmentant chaque semaine depuis la mi-février. Les responsables de la santé américains ont déclaré à la fin du mois de mars qu’une résurgence de cas induite par des variantes dans certaines régions pourrait augurer d’une possibilité longtemps redoutée: qu’une autre poussée pourrait survenir alors même que les États lancent des critères d’éligibilité au vaccin ouverts, essayant d’obtenir des coups de feu aussi rapidement que possible. possible.

6. Combien de mutations y a-t-il?

Plusieurs milliers de mutations et de lignées distinctes sont apparues dans le génome du SRAS-CoV-2 depuis l’émergence du virus à la fin de 2019. Une variante avec une soi-disant mutation D614G est apparue au début de 2020. En juin, elle avait remplacé la souche initiale identifiée dans La Chine deviendra la forme dominante du virus en circulation dans le monde. Des mois plus tard, une nouvelle variante liée au vison d’élevage a été identifiée chez une douzaine de patients dans le nord du Jutland, au Danemark, mais ne semble pas s’être largement répandue. Au fur et à mesure que le SRAS-CoV-2 continue de circuler, d’autres mutations apparaîtront, conduisant potentiellement à plus de variantes.

7. Certaines mutations sont-elles plus importantes?

Oui. Les scientifiques accordent plus d’attention aux mutations du gène qui code la protéine de pointe du SRAS-CoV-2, qui joue un rôle clé dans l’entrée virale dans les cellules. Ciblée par les vaccins, cette protéine influence l’immunité et l’efficacité des vaccins. Les variants B.1.1.7, 501Y.V2 et P.1 portent tous de multiples mutations affectant la protéine de pointe. Cela soulève la question de savoir si les personnes qui ont développé des anticorps contre la souche «régulière» – soit à partir d’un vaccin, soit après s’être rétablies de Covid-19 – seront en mesure de combattre les nouvelles variantes.

8. Que savons-nous jusqu’à présent?

En janvier, Public Health England a découvert que les personnes précédemment infectées par le coronavirus «régulier» sont susceptibles de développer une réponse anticorps efficace contre le variant B.1.1.7. Mais le même mois, le premier cas connu d’un patient récupéré de Covid-19 réinfecté avec la variante P.1 a été signalé au Brésil. Cette souche a plusieurs mutations clés en commun avec la souche 501Y.V2 d’Afrique du Sud, qui a été associée à quelque 4 000 réinfections chez des personnes qui avaient déjà souffert de Covid-19 lors d’une épidémie antérieure. Dans un éditorial du 28 janvier du Journal of the American Medical Association, le virologue John P. Moore et le vaccinologue Paul Offit ont décrit la variante 501Y.V2 comme «plus troublante» en raison de son potentiel de réduction de l’efficacité du vaccin, en raison de son pic particulier. mutations protéiques.

9. Quelle sera l’efficacité des vaccins?

Des données émergent et aucune étude clinique n’a comparé directement différents types de vaccins et leur capacité à se protéger contre les nouvelles souches. Dans l’ensemble, 10 vaccins se sont avérés efficaces dans les essais cliniques pour prévenir les maladies graves et les décès dus à Covid-19. Les études suggèrent, cependant, que certains peuvent ne pas être aussi efficaces pour arrêter des maladies moins graves dans les pays où prédominent des variantes particulières. Notamment:

• Les prises de vue de Novavax Inc. et de Johnson & Johnson ont montré une efficacité moindre en Afrique du Sud par rapport à d’autres pays.

• L’Afrique du Sud a annoncé début février son intention d’arrêter le déploiement du vaccin AstraZeneca. Une analyse intermédiaire des résultats des essais cliniques a révélé que deux doses du vaccin ne protégeaient pas les receveurs contre le Covid-19 léger à modéré de la variante 501Y.V2, bien que les chercheurs aient émis l’hypothèse que le régime pourrait encore protéger contre une maladie grave. Un groupe consultatif de l’OMS a averti que l’intervalle de 21 à 35 jours entre la première et la deuxième dose n’est pas optimal pour induire l’immunité et que des études plus importantes sont nécessaires.

• Une étude publiée le 24 février sur près de 1,2 million de personnes en Israël, qui a inoculé un pourcentage plus élevé de sa population que tout autre pays, a estimé que le vaccin Pfizer Inc.-BioNTech SE était efficace à 92% pour prévenir toutes les infections. À la fin de la période couverte par l’enquête, jusqu’à quatre cinquièmes des infections en Israël étaient causées par la variante B.1.1.7 identifiée pour la première fois au Royaume-Uni.

• Les scientifiques du Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle ont découvert qu’un seul coup de vaccin Moderna ou Pfizer-BioNTech renforçait la réponse immunitaire chez 10 patients qui s’étaient rétablis d’une infection par le SRAS-CoV-2 au début de la pandémie. La concentration d’anticorps neutralisants dans le sang des receveurs a augmenté d’environ mille fois, et ils sont apparus puissants contre le variant 501Y.V2 identifié pour la première fois en Afrique du Sud.

10. Que font les fabricants de médicaments?

Sarah Gilbert, professeur de vaccinologie à l’Université d’Oxford qui a mené la recherche initiale sur le vaccin AstraZeneca, a déclaré que «des efforts sont en cours pour développer une nouvelle génération de vaccins qui permettront de rediriger la protection vers des variantes émergentes sous forme de rappels, si il s’avère qu’il est nécessaire de le faire. Le nouveau plan pourrait être prêt pour l’automne, a-t-elle déclaré à la BBC. Pfizer et son partenaire allemand BioNTech, ainsi que Moderna, ont déclaré que leurs propres résultats indiquent que leurs vaccins devraient toujours fonctionner contre la souche détectée en Afrique du Sud, malgré la puissance réduite. Néanmoins, Moderna a déclaré le 10 mars avoir commencé à tester des vaccins Covid-19 modifiés, conçus pour répondre au besoin potentiel de candidats vaccins de rappel, chez les participants aux essais cliniques. Pfizer et Novovax ont également déclaré qu’ils travaillaient soit sur un rappel, soit sur une injection combinée. De telles altérations ne sont pas inconnues – cela se produit chaque année avec la grippe saisonnière, qui évolue rapidement. Contrairement à la grippe, les coronavirus ont un mécanisme d’autocorrection génétique qui minimise les mutations.

11. Différents vaccins peuvent-ils être utilisés en combinaison?

Potentiellement, oui. La Coalition for Epidemic Preparedness Innovations, ou CEPI, a annoncé en janvier jusqu’à 140 millions de dollars de financement pour la recherche clinique supplémentaire afin d’optimiser et d’étendre l’utilisation des vaccins existants. Cela pourrait inclure des études «mix-and-match» de différents injections dans des combinaisons susceptibles d’améliorer la qualité et la force de la réponse immunitaire. De telles études pourraient être utiles pour optimiser l’utilisation des inoculations disponibles, y compris le tir d’AstraZeneca, selon l’OMS.

12. Y a-t-il d’autres implications?

Oui. Il y a des implications pour les traitements, les diagnostics et la propagation du SRAS-CoV-2 chez les animaux.

• TRAITEMENTS: Des chercheurs sud-africains ont découvert un risque théorique que certains anticorps en cours de développement à des fins thérapeutiques soient inefficaces contre la variante 501Y.V2 qui y prévaut. Mais des études de l’Université de Columbia soutiennent les tests de Regeneron Pharmaceuticals Inc. montrant que son cocktail d’anticorps, qui a obtenu une autorisation d’utilisation d’urgence aux États-Unis et administré à Donald Trump, est efficace pour neutraliser 501Y.V2 et la variante identifiée pour la première fois au Royaume-Uni. utilisent des combinaisons d’anticorps qui ciblent des caractéristiques distinctes du SRAS-CoV-2 pour diminuer le potentiel de mutants dits d’échappement de virus qui pourraient émerger en réponse à la pression sélective d’un traitement à un seul anticorps.

• DIAGNOSTICS: Les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis ont déclaré que de nouvelles souches pourraient nuire aux performances de certains tests de diagnostic basés sur la PCR. Le ministère français de la Santé a signalé à la mi-mars une variante se propageant en Bretagne, où plusieurs patients ont développé des symptômes révélateurs mais ont été testés négatifs pour le virus.

• GAMME D’HÔTES: des chercheurs de l’Institut Pasteur français ont montré que les variants détectés pour la première fois en Afrique du Sud et au Brésil sont capables d’infecter des souris de laboratoire communes et de se répliquer à des concentrations élevées dans les poumons – un exploit que les souches en circulation auparavant n’étaient pas en mesure de faire. Cette abrogation de la barrière d’espèce soulève la possibilité que des souris ou d’autres rongeurs vivant à proximité des humains deviennent des réservoirs secondaires du SRAS-CoV-2 dans les régions où les variants circulent, d’où les souches pourraient évoluer séparément et potentiellement se répercuter sur les humains, ont déclaré les chercheurs. dans un article du 18 mars publié avant le processus d’examen par les pairs, dans lequel la recherche est examinée par des experts du même domaine, et publication.

(Met à jour le nombre de variantes d’intérêt dans la section 2; ajoute des détails sur les variantes infectant les souris de laboratoire courantes dans la section 12.)

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